Cẩm nang thuế – kế toán cho doanh nghiệp mới thành lập 2026

Ngay sau khi nhận được Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, để hệ thống thuế “nhận diện” và cho phép doanh nghiệp hoạt động hợp pháp, bạn cần thực hiện ngay các bước sau:

• Chữ ký số (Digital Signature): Đây là công cụ bắt buộc để kê khai thuế, ký hóa đơn điện tử và nộp bảo hiểm xã hội trực tuyến.
• Tài khoản ngân hàng (Bank Account): Doanh nghiệp phải mở tài khoản ngân hàng mang tên công ty. Dù không còn phải nộp mẫu 08 cho cơ quan thuế như trước đây, bạn vẫn bắt buộc phải cập nhật thông tin tài khoản này lên Cổng thông tin đăng ký doanh nghiệp quốc gia và hệ thống Thuế điện tử (thuedientu.gdt.gov.vn) để thực hiện nộp thuế điện tử.

Doanh nghiệp sử dụng Mẫu 01-ĐK-TCT (Ban hành kèm theo Thông tư 86/2024/TT-BTC) để đăng ký thông tin thuế ban đầu nếu có thay đổi hoặc bổ sung thông tin so với hồ sơ đăng ký kinh doanh.

Đây là điểm mới quan trọng nhất mà mọi chủ doanh nghiệp cần biết.
Theo Nghị quyết 198/2025/QH15 của Quốc hội, kể từ ngày 01/01/2026, Việt Nam chính thức bãi bỏ lệ phí môn bài.

• Nghĩa vụ: Doanh nghiệp thành lập từ tháng 01/2026 trở đi KHÔNG phải nộp tờ khai lệ phí môn bài và KHÔNG phải nộp tiền lệ phí này hàng năm.
• Đây là bước cải cách hành chính lớn nhằm giảm bớt gánh nặng chi phí cho doanh nghiệp gia nhập thị trường.

Doanh nghiệp bắt buộc phải sử dụng hóa đơn điện tử (HĐĐT) theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP (vẫn đang là văn bản nòng cốt) và các hướng dẫn bổ sung tại Thông tư 18/2026/TT-BTC (đối với các trường hợp đặc thù liên quan đến hộ kinh doanh chuyển lên doanh nghiệp hoặc bán lẻ).

• Thủ tục: Gửi Tờ khai đăng ký sử dụng HĐĐT (Mẫu số 01/ĐK-HĐĐT) qua cổng thông tin của Tổng cục Thuế.
• Lưu ý quan trọng: Đối với doanh nghiệp bán lẻ, ăn uống, cần áp dụng HĐĐT khởi tạo từ máy tính tiền để đảm bảo kết nối dữ liệu trực tiếp với cơ quan thuế.

Từ ngày 01/01/2026, khuôn khổ pháp lý về kế toán có sự thay đổi lớn với sự ra đời của Thông tư 99/2025/TT-BTC. Doanh nghiệp mới thành lập cần lựa chọn chế độ kế toán phù hợp ngay từ đầu:

1. Thông tư 99/2025/TT-BTC (Mới – Hiệu lực 01/01/2026): Hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp (thay thế một phần Thông tư 200). Đây là chuẩn mực hiện đại, tiệm cận với chuẩn mực kế toán quốc tế (IFRS), phù hợp cho các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài hoặc quy mô lớn.
2. Thông tư 133/2016/TT-BTC: Vẫn còn hiệu lực áp dụng cho Doanh nghiệp vừa và nhỏ (SME). Đây là chế độ kế toán đơn giản, gọn nhẹ, phù hợp với đa số doanh nghiệp khởi nghiệp trong nước.

Doanh nghiệp phải đăng ký chế độ kế toán áp dụng với cơ quan thuế hoặc ghi rõ trong thuyết minh báo cáo tài chính kỳ đầu tiên.

• Kỳ kê khai: Doanh nghiệp mới thành lập thực hiện kê khai thuế GTGT theo Quý.
• Hạn nộp: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo (Ví dụ: Quý 2/2026 nộp trước 31/07/2026).
• Lưu ý: Ngay cả khi không phát sinh doanh thu, doanh nghiệp vẫn phải nộp tờ khai trắng.

Doanh nghiệp thực hiện tạm nộp thuế TNDN hàng quý (không phải nộp tờ khai quý).

• Ưu đãi đặc biệt 2026: Theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, doanh nghiệp nhỏ và vừa (SME) thành lập mới tại các địa bàn ưu đãi có thể được hưởng chính sách miễn thuế TNDN trong 3 năm đầu. Bạn cần kiểm tra kỹ điều kiện ngành nghề để tận dụng ưu đãi này.
• Quy định tạm nộp: Tổng số thuế TNDN tạm nộp 4 quý không được thấp hơn 80% số thuế phải nộp theo quyết toán năm.
• Văn bản hướng dẫn: Thông tư 20/2026/TT-BTC và Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

Doanh nghiệp có trách nhiệm khấu trừ và nộp thuế TNCN cho nhân viên.

• Nếu trong tháng/quý không phát sinh chi trả thu nhập thì không cần nộp tờ khai (trừ trường hợp quyết toán năm).
• Lưu ý về giảm trừ gia cảnh: Hãy cập nhật mức giảm trừ gia cảnh mới nhất theo quy định hiện hành để tính toán chính xác cho người lao động.

Trong vòng 30 ngày kể từ khi ký hợp đồng lao động, doanh nghiệp phải đăng ký tham gia BHXH cho nhân viên.

• Căn cứ Luật Bảo hiểm xã hội và các văn bản hướng dẫn mới nhất năm 2026 về tỷ lệ đóng và mức lương cơ sở.
• Xây dựng thang bảng lương, nội quy lao động và thỏa ước lao động tập thể (nếu có).

Đây là “kỳ thi” lớn nhất của kế toán. Doanh nghiệp phải nộp:

• Bộ Báo cáo tài chính năm.
• Tờ khai quyết toán thuế TNDN.
• Tờ khai quyết toán thuế TNCN.
• Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn (nếu có yêu cầu riêng biệt).
  Thời hạn: Ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.

1. Mua bán hóa đơn: Tuyệt đối không mua hóa đơn “khống” để hợp thức hóa chi phí. Cơ quan Thuế hiện nay sử dụng AI để phân tích chuỗi hóa đơn, việc phát hiện vi phạm là cực kỳ dễ dàng.
2. Chi phí không hợp lệ: Các khoản chi không phục vụ sản xuất kinh doanh hoặc không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (đối với hóa đơn trên 20 triệu đồng) sẽ bị loại khi quyết toán thuế TNDN.
3. Quên thông báo thay đổi: Mọi thay đổi về địa chỉ, vốn, người đại diện pháp luật đều phải cập nhật kịp thời với cơ quan quản lý.

Giai đoạn đầu thành lập (tháng 04/2026), sự ổn định về pháp lý là nền tảng cho tăng trưởng. Đừng để những sai sót nhỏ về thủ tục hành chính gây ra những khoản phạt không đáng có. Nếu doanh nghiệp chưa có kế toán trưởng, hãy cân nhắc sử dụng dịch vụ thuế – kế toán uy tín để đảm bảo tuân thủ đúng các quy định mới nhất nêu trên.