Một số lưu ý quan trọng cho Doanh nghiệp khi lập hồ sơ khai thuế cho kỳ tính thuế 2025 đối với thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), thuế tài nguyên, thuế thu nhập cá nhân (TNCN) từ tiền lương, tiền công…
I. Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN)
1. Khai quyết toán thuế TNDN 2025
“Khai quyết toán thuế TNDN” là việc doanh nghiệp tổng hợp toàn bộ doanh thu, chi phí, lợi nhuận và số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong năm để kê khai với cơ quan thuế theo quy định.
Nội dung khai quyết toán thuế TNDN bao gồm:
- Quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp theo năm
- Quyết toán thuế khi doanh nghiệp:
- Giải thể
- Phá sản
- Chấm dứt hoạt động
- Chấm dứt hợp đồng
- Chia, tách hoặc tổ chức lại doanh nghiệp
Đây là nghĩa vụ bắt buộc đối với hầu hết doanh nghiệp đang hoạt động tại Việt Nam.
Doanh nghiệp phải tự tạm nộp thuế TNDN theo quý
Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp phải tự xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp tạm nộp theo từng quý trong năm.
Khoản tạm nộp này bao gồm cả:
- Thuế TNDN tại trụ sở chính
- Thuế phân bổ cho:
- Chi nhánh
- Đơn vị phụ thuộc
- Địa điểm kinh doanh khác tỉnh
- Nơi có bất động sản chuyển nhượng
Sau khi thực hiện khai quyết toán thuế TNDN cuối năm, doanh nghiệp sẽ đối chiếu:
- Số thuế đã tạm nộp
- Số thuế thực tế phải nộp
Nếu đã nộp thừa thì được bù trừ hoặc hoàn thuế theo quy định. Nếu nộp thiếu thì phải nộp bổ sung.
Doanh nghiệp được ưu đãi thuế TNDN cần lưu ý gì?
Đối với doanh nghiệp có hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, việc khai quyết toán thuế TNDN phải thực hiện riêng cho phần được ưu đãi.
Doanh nghiệp cần:
- Kê khai tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp
- Xác định chính xác phần thu nhập được ưu đãi
- Xác định số thuế phải nộp tại địa phương có ưu đãi thuế nếu đơn vị hoạt động khác tỉnh
Việc kê khai sai hoặc không tách riêng phần ưu đãi có thể dẫn đến:
- Bị truy thu thuế
- Mất quyền hưởng ưu đãi
- Phát sinh tiền chậm nộp
Quy định quan trọng: Tổng thuế tạm nộp 4 quý phải đạt tối thiểu 80%
Một trong những nội dung quan trọng nhất khi khai quyết toán thuế TNDN là quy định về mức thuế tạm nộp.
Theo quy định hiện hành: Tổng số thuế TNDN đã tạm nộp của 04 quý không được thấp hơn 80% số thuế phải nộp theo quyết toán năm.
Nếu doanh nghiệp tạm nộp thấp hơn mức 80%, phần thiếu sẽ bị tính tiền chậm nộp.
Tiền chậm nộp thuế TNDN được tính như thế nào?
Trường hợp doanh nghiệp nộp thiếu số thuế tạm nộp theo quy định, cơ quan thuế sẽ tính tiền chậm nộp trên phần thiếu.
Thời gian tính tiền chậm nộp được tính:
- Từ ngày tiếp sau hạn cuối tạm nộp thuế quý 4
- Đến ngày trước khi doanh nghiệp nộp đủ số thuế còn thiếu vào ngân sách nhà nước
Điều này được quy định tại:
- Nghị định 91/2022/NĐ-CP
- Sửa đổi, bổ sung Nghị định 126/2020/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế
2. Hồ sơ khai quyết toán thuế TNDN gồm những gì?
Khi thực hiện khai quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo quy định của cơ quan thuế. Việc chuẩn bị đúng và đầy đủ hồ sơ sẽ giúp quá trình kê khai diễn ra nhanh chóng, hạn chế sai sót và tránh bị yêu cầu bổ sung sau này.
Dưới đây là các thành phần quan trọng trong hồ sơ khai quyết toán thuế TNDN năm 2025.
2.1 Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp mẫu 03/TNDN
Đây là tài liệu quan trọng nhất trong hồ sơ khai quyết toán thuế TNDN. Tờ khai này dùng để tổng hợp toàn bộ thông tin về:
- Doanh thu trong năm
- Chi phí được trừ
- Thu nhập chịu thuế
- Các khoản miễn giảm thuế
- Thu nhập được ưu đãi
- Số lỗ được kết chuyển
- Số thuế TNDN phải nộp
- Số thuế đã tạm nộp
- Số thuế còn thiếu hoặc nộp thừa
Khi lập tờ khai quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp cần đảm bảo:
- Số liệu chính xác
- Đồng nhất với báo cáo tài chính
- Khớp với hóa đơn, chứng từ kế toán
- Khớp với các tờ khai thuế GTGT và thuế TNCN liên quan
Nếu số liệu sai lệch, doanh nghiệp có thể bị:
- Yêu cầu giải trình
- Truy thu thuế
- Xử phạt hành chính
- Tính tiền chậm nộp
Đối với tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN, mục “Kỳ tính thuế năm” phải chọn theo năm phát sinh hoạt động sản xuất kinh doanh và doanh thu/chi phí được quyết toán, không phải năm nộp hồ sơ.
Vì vậy:
- Nếu hiện tại đang làm quyết toán cho hoạt động của năm tài chính 2025
→ chọn: Kỳ tính thuế năm 2025
Dù thời gian nộp tờ khai quyết toán thuế mẫu 03/TNDN là năm 2026 thì vẫn là hồ sơ quyết toán của năm 2025.
Ví dụ:
- Doanh nghiệp có năm tài chính từ 01/01/2025 → 31/12/2025
- Hạn nộp quyết toán: thường chậm nhất ngày 31/03/2026
- Khi lập mẫu 03/TNDN vẫn ghi:
- “Kỳ tính thuế: năm 2025”
Ngoài ra cần lưu ý:
- Nếu doanh nghiệp dùng năm tài chính khác năm dương lịch (ví dụ 01/04/2025–31/03/2026) thì ghi đúng theo kỳ tài chính đã đăng ký.
- Trên HTKK/eTax thường sẽ có:
- “Từ ngày … đến ngày …”
- hoặc “Năm 2025”
2.2 Báo cáo tài chính năm
Ngoài tờ khai quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp phải nộp kèm báo cáo tài chính theo quy định của pháp luật kế toán và kiểm toán độc lập.
Bộ báo cáo tài chính thường bao gồm:
Bảng cân đối kế toán
Phản ánh:
- Tài sản doanh nghiệp
- Công nợ phải thu, phải trả
- Vốn chủ sở hữu
- Tình hình tài chính tại thời điểm cuối năm
Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh
Thể hiện:
- Doanh thu
- Chi phí
- Lợi nhuận
- Thuế TNDN phải nộp
- Kết quả lãi hoặc lỗ trong năm
Đây là phần được cơ quan thuế kiểm tra rất kỹ khi khai quyết toán thuế TNDN.
Báo cáo lưu chuyển tiền tệ
Cho thấy dòng tiền thực tế của doanh nghiệp từ:
- Hoạt động kinh doanh
- Hoạt động đầu tư
- Hoạt động tài chính
Thuyết minh báo cáo tài chính
Giải thích chi tiết các khoản mục trên báo cáo tài chính như:
- Chính sách kế toán áp dụng
- Chi tiết công nợ
- Tài sản cố định
- Khấu hao
- Các khoản vay
- Chi phí trả trước
2.3 Báo cáo tài chính tại thời điểm chấm dứt hoạt động hoặc tổ chức lại doanh nghiệp
Trong trường hợp doanh nghiệp:
- Giải thể
- Chấm dứt hoạt động
- Chuyển đổi loại hình doanh nghiệp
- Chia, tách hoặc sáp nhập doanh nghiệp
Thì phải lập báo cáo tài chính đến thời điểm phát sinh sự kiện thay đổi.
Đây là căn cứ để cơ quan thuế xác định:
- Nghĩa vụ thuế còn phải thực hiện
- Số thuế TNDN phải nộp
- Các khoản công nợ liên quan
Doanh nghiệp chỉ được hoàn tất thủ tục giải thể hoặc chuyển đổi khi đã hoàn thành nghĩa vụ thuế theo quy định.
3. Các phụ lục đi kèm khi khai quyết toán thuế TNDN
Ngoài tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN và báo cáo tài chính, doanh nghiệp còn có thể phải nộp thêm các phụ lục kèm theo tùy vào hoạt động thực tế phát sinh trong năm.
Các phụ lục này được ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC và đóng vai trò quan trọng trong việc giải trình doanh thu, chi phí, ưu đãi thuế, chuyển lỗ và phân bổ nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.
Việc kê khai đầy đủ phụ lục khi quyết toán thuế TNDN giúp doanh nghiệp:
- Hạn chế sai sót hồ sơ
- Giảm nguy cơ bị yêu cầu giải trình
- Đảm bảo tính minh bạch số liệu
- Tránh bị xử phạt do kê khai thiếu thông tin
Dưới đây là các phụ lục quyết toán thuế TNDN phổ biến mà doanh nghiệp cần lưu ý.
3.1 Phụ lục kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh – Mẫu 03-1A/TNDN, 03-1B/TNDN, 03-1C/TNDN
Đây là nhóm phụ lục quan trọng dùng để kê khai:
- Doanh thu
- Chi phí
- Lợi nhuận
- Thu nhập chịu thuế
của doanh nghiệp trong năm tài chính.
Tùy loại hình hoạt động, doanh nghiệp sẽ sử dụng mẫu phù hợp:
Mẫu 03-1A/TNDN
Áp dụng cho:
- Doanh nghiệp sản xuất
- Thương mại
- Dịch vụ thông thường
Mẫu 03-1B/TNDN
Áp dụng cho:
- Ngân hàng
- Tổ chức tín dụng
Mẫu 03-1C/TNDN
Áp dụng cho:
- Công ty chứng khoán
- Công ty quản lý quỹ
- Đơn vị tài chính đặc thù
3.2 Phụ lục chuyển lỗ – Mẫu 03-2/TNDN
Phụ lục này dùng để kê khai số lỗ được chuyển sang các năm tiếp theo theo quy định của pháp luật thuế.
Doanh nghiệp cần thể hiện rõ:
- Số lỗ từng năm
- Thời gian được chuyển lỗ
- Số lỗ đã sử dụng
- Số lỗ còn được chuyển tiếp
Việc kê khai chính xác phụ lục chuyển lỗ khi quyết toán thuế TNDN giúp doanh nghiệp:
- Tối ưu nghĩa vụ thuế
- Tránh bị loại khoản lỗ hợp lệ
- Giảm rủi ro truy thu thuế sau thanh tra
3.3 Các phụ lục ưu đãi thuế TNDN – Mẫu 03-3A đến 03-3D/TNDN
Nhóm phụ lục này áp dụng cho doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.
Ví dụ:
- Ưu đãi theo ngành nghề đầu tư
- Ưu đãi theo địa bàn
- Dự án công nghệ cao
- Dự án đặc biệt khuyến khích đầu tư
Các mẫu gồm:
- Mẫu 03-3A/TNDN
- Mẫu 03-3B/TNDN
- Mẫu 03-3C/TNDN
- Mẫu 03-3D/TNDN
Khi kê khai ưu đãi thuế, doanh nghiệp cần:
- Xác định đúng điều kiện hưởng ưu đãi
- Tách riêng doanh thu và chi phí của hoạt động ưu đãi
- Lưu đầy đủ hồ sơ chứng minh
Nếu kê khai sai, doanh nghiệp có thể:
- Bị truy thu thuế
- Bị thu hồi ưu đãi
- Bị tính tiền chậm nộp
3.4 Phụ lục số thuế TNDN đã nộp ở nước ngoài – Mẫu 03-4/TNDN
Phụ lục này áp dụng cho doanh nghiệp có phát sinh thu nhập ở nước ngoài và đã nộp thuế tại quốc gia khác.
Nội dung kê khai gồm:
- Quốc gia phát sinh thu nhập
- Số thuế đã nộp
- Số thuế được khấu trừ tại Việt Nam
Việc kê khai đúng giúp doanh nghiệp tránh bị đánh thuế hai lần theo các hiệp định thuế quốc tế.
3.5 Phụ lục thuế TNDN đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản – Mẫu 03-5/TNDN
Áp dụng cho doanh nghiệp có hoạt động:
- Chuyển nhượng bất động sản
- Chuyển nhượng dự án
- Kinh doanh nhà đất
Phụ lục này giúp cơ quan thuế xác định riêng:
- Doanh thu chuyển nhượng
- Chi phí liên quan
- Thu nhập chịu thuế từ bất động sản
Đây là nhóm hồ sơ thường được cơ quan thuế kiểm tra rất kỹ khi quyết toán thuế TNDN.
3.6 Phụ lục báo cáo trích lập và sử dụng quỹ khoa học công nghệ – Mẫu 03-6/TNDN
Áp dụng cho doanh nghiệp có trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ.
Nội dung gồm:
- Số tiền trích lập quỹ
- Mục đích sử dụng
- Tình hình sử dụng quỹ trong năm
Nếu sử dụng quỹ sai mục đích, doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế theo quy định.
3.7 Phụ lục phân bổ thuế TNDN cho cơ sở sản xuất – Mẫu 03-8/TNDN
Áp dụng cho doanh nghiệp có:
- Nhà máy
- Xưởng sản xuất
- Cơ sở sản xuất khác tỉnh với trụ sở chính
Phụ lục này dùng để xác định số thuế TNDN phải phân bổ cho từng địa phương.
3.8 Phụ lục phân bổ thuế đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản – Mẫu 03-8A/TNDN
Áp dụng khi doanh nghiệp có hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại địa phương khác nơi đặt trụ sở chính.
Mục đích là:
- Phân bổ nghĩa vụ thuế đúng địa phương phát sinh hoạt động
- Đảm bảo đúng quy định quản lý thuế liên tỉnh
3.9 Phụ lục phân bổ thuế đối với hoạt động sản xuất thủy điện – Mẫu 03-8B/TNDN
Áp dụng cho doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực:
- Sản xuất thủy điện
- Nhà máy thủy điện liên tỉnh
Phụ lục này dùng để phân bổ số thuế TNDN phải nộp cho từng địa phương có công trình thủy điện.
3.10 Phụ lục phân bổ thuế đối với hoạt động kinh doanh xổ số điện toán – Mẫu 03-8C/TNDN
Áp dụng đối với doanh nghiệp kinh doanh xổ số điện toán hoạt động trên nhiều tỉnh thành.
Mục đích:
- Xác định số thuế phân bổ cho từng địa phương
- Đảm bảo nghĩa vụ ngân sách đúng nơi phát sinh doanh thu
3.11 Phụ lục bảng kê chứng từ nộp thuế TNDN tạm nộp đối với chuyển nhượng bất động sản – Mẫu 03-9/TNDN
Áp dụng với hoạt động:
- Chuyển nhượng bất động sản
- Thu tiền theo tiến độ
- Chưa bàn giao trong năm
Doanh nghiệp phải kê khai:
- Các khoản thu đã nhận
- Số thuế TNDN tạm nộp
- Chứng từ nộp thuế tương ứng
Đây là căn cứ để cơ quan thuế đối chiếu khi quyết toán thuế TNDN cuối năm.
Lưu ý khi nộp phụ lục quyết toán thuế TNDN
Không phải doanh nghiệp nào cũng phải nộp toàn bộ các phụ lục trên. Doanh nghiệp chỉ cần kê khai các phụ lục có phát sinh thực tế liên quan đến hoạt động kinh doanh của mình.
Tuy nhiên, việc:
– Kê khai thiếu phụ lục
– Sử dụng sai mẫu biểu
– Sai số liệu giữa phụ lục và tờ khai chính
có thể khiến hồ sơ quyết toán thuế TNDN bị đánh giá không hợp lệ hoặc phát sinh yêu cầu giải trình từ cơ quan thuế.
4. Các phụ lục giao dịch liên kết phải nộp kèm hồ sơ quyết toán thuế TNDN
Doanh nghiệp thuộc đối tượng áp dụng phải kê khai các phụ lục đi kèm tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN như sau.
4.1 Phụ lục I – Thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết
Đây là phụ lục quan trọng nhất trong hồ sơ giao dịch liên kết.
Doanh nghiệp phải kê khai:
- Thông tin các bên liên kết
- Hình thức quan hệ liên kết
- Giá trị giao dịch liên kết phát sinh trong năm
- Các khoản vay, mua bán, dịch vụ nội bộ
- Phương pháp xác định giá giao dịch liên kết
Mục đích của phụ lục này là giúp cơ quan thuế đánh giá:
- Doanh nghiệp có dấu hiệu chuyển giá hay không
- Giá giao dịch có phù hợp với giá thị trường hay không
- Có phát sinh rủi ro thất thu thuế hay không
Nếu kê khai sai hoặc không kê khai đầy đủ, doanh nghiệp có thể:
- Bị thanh tra thuế
- Bị ấn định thuế
- Bị truy thu và xử phạt
4.2 Phụ lục II – Hồ sơ quốc gia
Phụ lục II là danh mục các thông tin và tài liệu trong hồ sơ quốc gia mà doanh nghiệp cần chuẩn bị khi cơ quan thuế yêu cầu.
Hồ sơ quốc gia thường bao gồm:
- Thông tin hoạt động kinh doanh tại Việt Nam
- Phân tích chức năng và rủi ro
- Chính sách giá giao dịch liên kết
- Phương pháp xác định giá thị trường
- So sánh với doanh nghiệp độc lập
Đây là căn cứ để chứng minh rằng: Các giao dịch liên kết của doanh nghiệp được thực hiện theo nguyên tắc giao dịch độc lập.
4.3 Phụ lục III – Hồ sơ toàn cầu
Phụ lục III áp dụng chủ yếu với:
- Tập đoàn đa quốc gia
- Doanh nghiệp có công ty mẹ ở nước ngoài
Hồ sơ toàn cầu cung cấp thông tin tổng quan về:
- Cấu trúc tập đoàn
- Chuỗi hoạt động kinh doanh
- Chính sách giá chuyển nhượng toàn cầu
- Tài sản vô hình
- Hoạt động tài chính nội bộ tập đoàn
Cơ quan thuế sử dụng hồ sơ này để đánh giá rủi ro chuyển giá trên phạm vi toàn cầu.
4.4 Phụ lục IV – Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia
Đây là phụ lục áp dụng cho các tập đoàn đa quốc gia có quy mô lớn theo quy định.
Nội dung báo cáo bao gồm:
- Doanh thu toàn cầu
- Lợi nhuận tại từng quốc gia
- Thuế đã nộp
- Số lượng nhân sự
- Tài sản và hoạt động kinh doanh tại từng nước
Mục tiêu của báo cáo là:
- Tăng tính minh bạch thuế quốc tế
- Kiểm soát hành vi chuyển lợi nhuận sang quốc gia có thuế suất thấp
5 Các trường hợp được miễn kê khai hoặc miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết khi quyết toán thuế TNDN
Khi thực hiện quyết toán thuế TNDN, nhiều doanh nghiệp lo ngại về việc phải lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết do thủ tục khá phức tạp và yêu cầu nhiều tài liệu.
Tuy nhiên, theo quy định tại:
- Nghị định 132/2020/NĐ-CP
- Và Nghị định 20/2025/NĐ-CP
một số trường hợp doanh nghiệp sẽ được:
- Miễn kê khai một phần
- Miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết
- Hoặc được áp dụng cơ chế miễn trừ đơn giản hơn
Việc hiểu đúng các trường hợp miễn trừ giúp doanh nghiệp:
- Giảm áp lực hồ sơ
- Tiết kiệm thời gian kê khai
- Hạn chế sai sót khi quyết toán thuế TNDN
5.1 Trường hợp được miễn kê khai mục III, IV và miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết
Doanh nghiệp sẽ được:
- Miễn kê khai xác định giá giao dịch liên kết tại Mục III và Mục IV của Phụ lục I
- Đồng thời được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết
nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:
Chỉ phát sinh giao dịch với bên liên kết tại Việt Nam
Các bên liên kết đều là:
- Đối tượng nộp thuế TNDN tại Việt Nam
- Không có yếu tố nước ngoài
Áp dụng cùng mức thuế suất thuế TNDN
Ví dụ:
- Cùng áp dụng thuế suất 20%
- Không có chênh lệch ưu đãi thuế
Không bên nào được hưởng ưu đãi thuế TNDN
Trong kỳ tính thuế:
- Không có doanh nghiệp nào được miễn giảm thuế
- Không áp dụng ưu đãi theo ngành nghề hoặc địa bàn
Nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện trên, doanh nghiệp sẽ không cần lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.
Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải: Kê khai căn cứ miễn trừ tại Mục I và Mục II của Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.
5.2 Trường hợp vẫn phải kê khai nhưng được miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết
Một số doanh nghiệp vẫn phải kê khai giao dịch liên kết nhưng được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết chi tiết. Doanh nghiệp có doanh thu và giao dịch liên kết nhỏ. Doanh nghiệp được miễn lập hồ sơ nếu:
Tổng doanh thu dưới 50 tỷ đồng và Tổng giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng trong kỳ tính thuế.
Đây là nhóm miễn trừ phổ biến đối với:
- Doanh nghiệp nhỏ
- Công ty quy mô vừa
- Công ty mới thành lập
Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải kê khai thông tin giao dịch liên kết trên phụ lục theo quy định.
5.3 Doanh nghiệp đã ký APA (Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế)
Doanh nghiệp đã ký: Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ báo cáo thường niên sẽ được miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết đối với các giao dịch nằm trong phạm vi APA.
APA là cơ chế cho phép:
- Doanh nghiệp và cơ quan thuế thống nhất trước phương pháp xác định giá
- Giảm rủi ro tranh chấp về chuyển giá
- Tăng tính minh bạch thuế
Tuy nhiên: Các giao dịch ngoài phạm vi APA vẫn phải kê khai và thực hiện theo quy định thông thường.
5.4 Doanh nghiệp có chức năng đơn giản và đạt tỷ suất lợi nhuận tối thiểu
Đây là trường hợp miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết khá quan trọng nhưng nhiều doanh nghiệp chưa hiểu rõ. Doanh nghiệp sẽ được miễn lập hồ sơ nếu đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:
- Không sở hữu tài sản vô hình phức tạp
- Không phát sinh doanh thu hoặc chi phí từ khai thác, sử dụng tài sản vô hình
- Hoạt động chủ yếu mang tính gia công, sản xuất hoặc phân phối đơn giản
- Có doanh thu dưới 200 tỷ đồng
- Áp dụng tỷ suất lợi nhuận thuần chưa trừ chi phí lãi vay và thuế thu nhập doanh nghiệp (không bao gồm chênh lệch doanh thu và chi phí của hoạt động tài chính) trên doanh thu thuần, bao gồm các lĩnh vực như sau:
- Đối với hoạt động phân phối ≥ 5%
- Đối với hoạt động sản xuất ≥ 10%
- Đối với hoạt động gia công ≥ 15%
Trong trường hợp doanh nghiệp có nhiều lĩnh vực hoạt động:
- Nếu hạch toán riêng được doanh thu và chi phí → áp dụng theo từng lĩnh vực
- Nếu chỉ tách được doanh thu → phải phân bổ chi phí theo tỷ lệ doanh thu
- Nếu không tách riêng được doanh thu và chi phí → áp dụng tỷ suất của lĩnh vực có mức cao nhất
5.5 Xác định chi phí được trừ đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết
Khi thực hiện quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp có giao dịch liên kết cần đặc biệt lưu ý đến việc xác định chi phí được trừ khi tính thu nhập chịu thuế.
Đây là một trong những nội dung được cơ quan thuế kiểm tra rất chặt nhằm:
- Kiểm soát hành vi chuyển giá
- Hạn chế việc tăng chi phí không hợp lý
- Đảm bảo nghĩa vụ thuế đúng thực tế hoạt động kinh doanh
Theo quy định tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi bổ sung, nhiều khoản chi phí giao dịch liên kết sẽ không được tính vào chi phí hợp lệ nếu không đáp ứng điều kiện theo quy định.
Chi phí giao dịch liên kết không phù hợp sẽ không được khấu trừ
Doanh nghiệp chỉ được tính vào chi phí được trừ đối với các khoản chi:
- Có thực tế phát sinh
- Phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh
- Có đầy đủ hồ sơ chứng minh
- Phù hợp với bản chất giao dịch độc lập
Nếu khoản chi không phù hợp với nguyên tắc giao dịch độc lập hoặc không tạo ra doanh thu, thu nhập cho doanh nghiệp thì: Sẽ không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN. Đây là điểm mà nhiều doanh nghiệp FDI hoặc công ty thuộc tập đoàn thường gặp rủi ro khi quyết toán thuế TNDN.
Các khoản chi phí dịch vụ KHÔNG ĐƯỢC TRỪ khi tính thuế TNDN
Một số khoản chi phí dịch vụ phát sinh với bên liên kết thường bị cơ quan thuế loại khỏi chi phí hợp lệ nếu không chứng minh được giá trị thực tế.
Dịch vụ chỉ phục vụ lợi ích cho công ty liên kết khác
Chi phí sẽ không được trừ nếu dịch vụ:
- Chỉ phục vụ lợi ích của tập đoàn
- Không mang lại giá trị cho doanh nghiệp tại Việt Nam
- Không hỗ trợ trực tiếp hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp
Chi phí phục vụ lợi ích cổ đông
Các khoản chi phục vụ cho cổ đông hoặc công ty mẹ như:
- Chi phí họp cổ đông tập đoàn
- Báo cáo phục vụ nhà đầu tư
- Hoạt động quản trị tập đoàn
thường sẽ không được tính là chi phí được trừ.
Chi phí dịch vụ bị tính trùng lặp
Nếu nhiều bên liên kết cùng tính phí cho:
- Một loại dịch vụ
- Một nội dung công việc
- Một chức năng giống nhau
mà doanh nghiệp không chứng minh được giá trị gia tăng riêng biệt thì cơ quan thuế có thể loại chi phí này. Đây là lỗi khá phổ biến ở doanh nghiệp đa quốc gia.
Dịch vụ mang tính “lợi ích tập đoàn”
Một số dịch vụ mà doanh nghiệp được hưởng chỉ vì là thành viên tập đoàn sẽ không được xem là chi phí hợp lệ.
Ví dụ:
- Hưởng thương hiệu tập đoàn chung
- Chính sách quản trị chung
- Quyền thành viên mạng lưới toàn cầu
Nếu không xác định được giá trị cụ thể mang lại cho doanh nghiệp thì khoản chi này dễ bị loại khi quyết toán thuế TNDN.
Chi phí qua trung gian không tạo thêm giá trị
Trường hợp:
- Bên liên kết chỉ đứng trung gian
- Thuê lại dịch vụ từ bên thứ ba
- Nhưng không tạo thêm giá trị cho dịch vụ
thì phần chi phí cộng thêm có thể không được cơ quan thuế chấp nhận.
Khống chế chi phí lãi vay đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết
Đây là nội dung đặc biệt quan trọng khi quyết toán thuế TNDN.
Theo quy định hiện hành: Tổng chi phí lãi vay được trừ không vượt quá 30% EBITDA.
EBITDA trong trường hợp này được xác định dựa trên:
- Lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh
- Cộng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay
- Cộng chi phí khấu hao trong kỳ
Công thức thường được áp dụng: Chi phí lãi vay được trừ tối đa = 30% x (Lợi nhuận thuần + Chi phí lãi vay thuần + Khấu hao)
Quy định này áp dụng cho: Khoản vay từ bên liên kết và cả khoản vay từ bên độc lập
Phần chi phí lãi vay vượt mức được xử lý như thế nào?
Nếu chi phí lãi vay vượt mức 30% theo quy định thì: Phần vượt sẽ không được trừ ngay trong kỳ tính thuế hiện tại.
Tuy nhiên, doanh nghiệp được phép:
- Chuyển phần lãi vay chưa được trừ sang các năm tiếp theo
- Khi các năm sau còn “room” khấu trừ
Thời gian chuyển chi phí lãi vay tối đa 5 năm
Khoản chi phí lãi vay không được trừ sẽ được chuyển liên tục:
Không quá 05 năm kể từ năm tiếp sau năm phát sinh chi phí lãi vay chưa được trừ.
Điều này giúp doanh nghiệp:
- Giảm áp lực thuế trong dài hạn
- Tận dụng chi phí hợp lệ ở các năm sau
- Tối ưu nghĩa vụ thuế đúng quy định
Ví dụ dễ hiểu
Công ty A có giao dịch liên kết (vay vốn từ công ty mẹ) và có số liệu tài chính năm 2025 như sau:
- Chi phí lãi vay phát sinh (thực tế trả lãi): 1.000 triệu đồng.
- Lãi tiền gửi thu về: 100 triệu đồng.
- Chi phí lãi vay ròng: 1.000 – 100 = 900 triệu đồng.
- Khấu hao tài sản: 200 triệu đồng.
- Lợi nhuận thuần từ HĐKD (trước lãi vay, khấu hao): 1.500 triệu đồng.
Bước 1: Tính EBITDA (Thu nhập trước lãi vay, thuế, khấu hao) = 1.500 + 900 + 200 = 2.600 triệu đồng
Bước 2: Tính hạn mức chi phí lãi vay được trừ (30% EBITDA) = 30% x EBITDA = 30% x 2.600 = 780 triệu đồng
Bước 3: Xác định chi phí lãi vay được trừ và bị loại
- Chi phí lãi vay hợp lý (được trừ): 780 triệu đồng.
- Chi phí lãi vay bị loại (không được tính vào chi phí hợp lý): 1.000 – 780 = 220 triệu đồng
Phần 220 triệu đồng bị loại không mất đi, mà được chuyển sang kỳ sau (tối đa 5 năm) để tiếp tục trừ nếu năm sau lãi vay thấp hơn 30% EBITDA.
6. Trích lập khoản dự phòng
Khi thực hiện quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp được phép trích lập một số khoản dự phòng để phản ánh đúng tình hình tài chính và ghi nhận các rủi ro có thể phát sinh trong hoạt động kinh doanh.
Việc trích lập dự phòng đúng quy định không chỉ giúp doanh nghiệp:
- Chủ động kiểm soát rủi ro tài chính
- Phản ánh trung thực giá trị tài sản
- Hạn chế biến động lợi nhuận
mà còn giúp:
- Được tính vào chi phí hợp lệ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN
- Giảm rủi ro bị loại chi phí khi thanh tra thuế
Hiện nay, việc trích lập và xử lý các khoản dự phòng được thực hiện theo:
- Thông tư 48/2019/TT-BTC
- Và Thông tư 24/2022/TT-BTC
Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp có thể trích lập các khoản dự phòng sau:
6.1 Dự phòng giảm giá hàng tồn kho
Đây là khoản dự phòng được lập khi:
- Giá trị hàng tồn kho giảm
- Hàng hóa bị lỗi thời
- Hàng chậm luân chuyển
- Giá bán thị trường thấp hơn giá gốc
Mục đích:
- Phản ánh đúng giá trị thực tế của hàng tồn kho
- Hạn chế ghi nhận tài sản cao hơn thực tế
Các doanh nghiệp thường phát sinh khoản dự phòng này gồm:
- Công ty thương mại
- Nhà phân phối
- Doanh nghiệp sản xuất
- Ngành thời trang, công nghệ, điện tử
6.2 Dự phòng tổn thất các khoản đầu tư
Doanh nghiệp được trích lập dự phòng khi:
- Khoản đầu tư bị giảm giá trị
- Công ty được đầu tư kinh doanh thua lỗ
- Có dấu hiệu mất vốn
Ví dụ:
- Đầu tư công ty con
- Góp vốn liên doanh
- Đầu tư cổ phiếu
- Đầu tư tài chính dài hạn
Việc trích lập phải có:
- Hồ sơ chứng minh
- Căn cứ đánh giá tổn thất
- Tài liệu tài chính liên quan
6.3 Dự phòng nợ phải thu khó đòi
Đây là khoản dự phòng rất phổ biến khi quyết toán thuế TNDN.
Doanh nghiệp được trích lập khi:
- Khách hàng chậm thanh toán
- Công nợ có dấu hiệu khó thu hồi
- Khách hàng mất khả năng thanh toán
- Công nợ quá hạn theo quy định
Các khoản nợ muốn được trích lập cần có:
- Hợp đồng
- Biên bản đối chiếu công nợ
- Hồ sơ đòi nợ
- Chứng từ chứng minh khả năng mất vốn
Nếu không đủ hồ sơ, cơ quan thuế có thể loại khoản chi phí này khi quyết toán thuế TNDN.
6.4 Dự phòng bảo hành sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ và công trình xây dựng
Doanh nghiệp được phép trích lập dự phòng cho các nghĩa vụ bảo hành phát sinh trong tương lai.
Áp dụng phổ biến với:
- Công ty xây dựng
- Doanh nghiệp sản xuất
- Nhà cung cấp thiết bị
- Đơn vị thi công công trình
- Doanh nghiệp bán sản phẩm có cam kết bảo hành
Khoản dự phòng này giúp doanh nghiệp:
- Chủ động ghi nhận chi phí bảo hành
- Phản ánh đúng nghĩa vụ tài chính
- Tránh biến động lợi nhuận giữa các kỳ
Điều kiện để khoản dự phòng được tính vào chi phí được trừ
Không phải mọi khoản dự phòng đều được cơ quan thuế chấp nhận. Để được tính vào chi phí hợp lệ khi quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp cần:
- Trích lập đúng đối tượng
- Có căn cứ và hồ sơ đầy đủ
- Thực hiện đúng phương pháp theo quy định
- Có chứng từ và tài liệu chứng minh tổn thất hoặc rủi ro
Nếu doanh nghiệp:
- Trích lập vượt mức
- Không đủ hồ sơ
- Không có căn cứ hợp lý
- Hạch toán sai quy định
thì khoản dự phòng có thể bị:
- Loại khỏi chi phí được trừ
- Truy thu thuế TNDN
- Tính tiền chậm nộp
II. Thuế tài nguyên
Ngoài quyết toán thuế TNDN, các doanh nghiệp có hoạt động khai thác tài nguyên còn phải thực hiện quyết toán thuế tài nguyên theo quy định của pháp luật thuế hiện hành.
Đây là nghĩa vụ bắt buộc đối với các doanh nghiệp khai thác:
- Khoáng sản
- Đá, cát, sỏi
- Nước thiên nhiên
- Than
- Tài nguyên rừng tự nhiên
- Các loại tài nguyên khác thuộc đối tượng chịu thuế
Việc kê khai và quyết toán thuế tài nguyên đúng quy định giúp doanh nghiệp:
- Hạn chế rủi ro bị truy thu thuế
- Tránh xử phạt hành chính
- Đảm bảo hồ sơ kế toán – thuế minh bạch
- Hạn chế phát sinh sai lệch sản lượng khai thác
Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế tài nguyên năm 2025
Doanh nghiệp phải: Lập và gửi hồ sơ khai quyết toán thuế tài nguyên năm 2025 chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm tài chính hoặc năm dương lịch.
Hồ sơ khai quyết toán thuế tài nguyên gồm những gì?
Doanh nghiệp sử dụng: Mẫu số 02/TAIN ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC
Tờ khai này dùng để kê khai:
- Loại tài nguyên khai thác
- Sản lượng khai thác thực tế
- Giá tính thuế tài nguyên
- Thuế suất áp dụng
- Số thuế tài nguyên phải nộp
- Số thuế đã kê khai và tạm nộp trong năm
Doanh nghiệp nào phải quyết toán thuế tài nguyên?
Các tổ chức, doanh nghiệp có hoạt động:
- Khai thác khoáng sản
- Khai thác cát, đá, đất
- Khai thác nước ngầm
- Khai thác tài nguyên thiên nhiên
- Thu mua tài nguyên gắn với hoạt động khai thác
đều cần rà soát nghĩa vụ quyết toán thuế tài nguyên theo quy định.
III. Quyết toán thuế TNCN đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công
Bên cạnh quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp cũng cần đặc biệt lưu ý đến việc quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công của người lao động.
Đây là nghĩa vụ quan trọng mà hầu hết doanh nghiệp đều phải thực hiện hàng năm nhằm:
- Kê khai chính xác thu nhập đã chi trả
- Xác định số thuế TNCN đã khấu trừ
- Quyết toán nghĩa vụ thuế với cơ quan thuế
- Đảm bảo quyền lợi hoàn thuế hoặc giảm thuế cho người lao động
Doanh nghiệp cần thực hiện theo hướng dẫn nào?
Đối với việc kê khai và quyết toán thuế TNCN từ tiền lương, tiền công, doanh nghiệp thực hiện theo hướng dẫn tại: Công văn 1296/CT-NVT do Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh ban hành ngày 04/03/2026.
Công văn này hướng dẫn chi tiết về:
- Đối tượng phải quyết toán thuế TNCN
- Hồ sơ quyết toán thuế
- Trường hợp được ủy quyền quyết toán
- Cách kê khai thu nhập tiền lương, tiền công
- Các khoản giảm trừ gia cảnh
- Quy định về mã số thuế người phụ thuộc
- Hồ sơ hoàn thuế TNCN
Thuế TNCN từ tiền lương, tiền công là gì?
Thuế TNCN từ tiền lương, tiền công là khoản thuế người lao động phải nộp đối với:
- Tiền lương
- Tiền thưởng
- Phụ cấp
- Hoa hồng
- Các khoản thu nhập có tính chất tiền lương
Doanh nghiệp có trách nhiệm:
- Khấu trừ thuế TNCN hàng tháng hoặc hàng quý
- Kê khai với cơ quan thuế
- Quyết toán cuối năm theo quy định
Doanh nghiệp nào phải quyết toán thuế TNCN?
Hầu hết doanh nghiệp có chi trả thu nhập cho người lao động đều phải thực hiện quyết toán thuế TNCN, bao gồm:
- Công ty TNHH
- Công ty cổ phần
- Doanh nghiệp FDI
- Văn phòng đại diện
- Chi nhánh doanh nghiệp
- Tổ chức trả thu nhập
Ngay cả khi:
- Không phát sinh số thuế phải nộp thêm
- Đã khấu trừ đủ thuế
- Người lao động nghỉ việc trong năm
thì doanh nghiệp vẫn cần rà soát nghĩa vụ kê khai theo quy định.
Những nội dung doanh nghiệp cần kiểm tra khi quyết toán thuế TNCN
Khi thực hiện quyết toán thuế TNCN đối với tiền lương, tiền công, doanh nghiệp cần rà soát:
- Tổng thu nhập đã chi trả
- Thuế TNCN đã khấu trừ
- Giảm trừ gia cảnh
- Người phụ thuộc
- Khoản bảo hiểm bắt buộc
- Thu nhập miễn thuế
- Chứng từ khấu trừ thuế
- Mã số thuế cá nhân
Việc sai sót thông tin có thể khiến:
- Hồ sơ quyết toán bị lỗi
- Người lao động không được hoàn thuế
- Phát sinh điều chỉnh hoặc giải trình với cơ quan thuế
Người lao động có được ủy quyền quyết toán thuế không?
Trong nhiều trường hợp, người lao động có thể ủy quyền cho doanh nghiệp quyết toán thuế TNCN thay.
Tuy nhiên, chỉ áp dụng khi đáp ứng đủ điều kiện theo quy định, ví dụ:
- Có hợp đồng lao động đủ điều kiện
- Chỉ có thu nhập tại một nơi
- Không có yêu cầu tự quyết toán riêng
Doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ hồ sơ ủy quyền trước khi thực hiện kê khai.
