Hướng Dẫn Lập Và Nộp Hồ Sơ Hoàn Thuế GTGT Online Mới Nhất 2026

Thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) online năm 2026 được thực hiện chủ yếu qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Theo quy định mới nhất tại Công văn 6936/CT-QLTT và Luật 149/2025/QH15, từ ngày 01/01/2026, việc người bán chưa kê khai hay chưa nộp thuế không còn là điều kiện để xác định quyền hoàn thuế của bên mua. Đặc biệt, từ tháng 10/2026, ngành Thuế chính thức đưa Hệ thống hoàn thuế GTGT tự động vào vận hành: tự động phân tích dữ liệu hóa đơn, hải quan bằng AI/Big Data, tự động duyệt hồ sơ tuân thủ tốt và chỉ tách phần có rủi ro để kiểm tra riêng.

Công tác lập và nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT điện tử hiện nay chịu sự điều chỉnh của hệ thống văn bản quy phạm pháp luật cập nhật mới nhất 2026:

• Văn bản hợp nhất 114/VBHN-VPQH 2026 & Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15: Quy định đối tượng, điều kiện và nguyên tắc hoàn thuế GTGT.
• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 & Luật số 149/2025/QH15: Quy định khung pháp lý về quản lý thuế điện tử và nguyên tắc bảo vệ quyền lợi người nộp thuế sòng phẳng.
• Nghị định số 181/2025/NĐ-CP: Hướng dẫn chi tiết thi hành Luật Thuế GTGT, điều kiện khấu trừ và phương pháp xác định số thuế được hoàn.
• Nghị định số 252/2026/NĐ-CP (Hiệu lực từ 01/07/2026): Quy định chi tiết thi hành Luật Quản lý thuế, thay thế các quy định cũ tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP.
• Thông tư số 89/2026/TT-BTC (Hiệu lực từ 01/07/2026): Quy định chi tiết thi hành Luật Quản lý thuế, ban hành hệ thống biểu mẫu mới và chính thức thay thế Thông tư 80/2021/TT-BTC.
• Thông tư số 94/2026/TT-BTC (Hiệu lực từ 01/07/2026): Quy định về quản lý tuân thủ và phân loại rủi ro tự động trong quản lý thuế.

Nhằm tháo gỡ khó khăn về dòng vốn cho doanh nghiệp, Cục Thuế đã ban hành Công văn 6936/CT-QLTT thống nhất các điểm mới quan trọng:

1. Bãi bỏ điều kiện người bán đã nộp thuế đối với bên mua (Từ 01/01/2026): Khoản 3 Điều 1 Luật 149/2025/QH15 đã bãi bỏ quy định yêu cầu ‘người bán phải kê khai, nộp thuế GTGT thì bên mua mới được hoàn thuế’. Do đó, việc người bán chưa nộp thuế không còn là lý do để từ chối quyền hoàn thuế chính đáng của doanh nghiệp mua hàng.
2. Nguyên tắc phân loại và xử lý từng phần hồ sơ có rủi ro: Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định chỉ một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn có cảnh báo rủi ro, cơ quan thuế sẽ tách riêng phần rủi ro đó ra để kiểm tra xác minh. Phần số tiền còn lại đủ điều kiện sẽ tiếp tục được giải quyết hoàn thuế ngay, không dừng toàn bộ bộ hồ sơ như trước đây.

Căn cứ theo quy định pháp luật, doanh nghiệp được nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT online trong các trường hợp sau:

• Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu: Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.
• Hoàn thuế đối với dự án đầu tư: Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư hoặc doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư mới có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên.
• Cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5%: Có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết sau 12 tháng/4 quý.
• Các trường hợp khác: Tổ chức kết thúc dự án ODA, cơ quan đại diện ngoại giao, doanh nghiệp chia tách, sáp nhập, giải thể, phá sản.

Để được tiếp nhận và xử lý hồ sơ hoàn thuế qua mạng, người nộp thuế phải đáp ứng các điều kiện sau:

• Kê khai và nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
• Đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp/mã số thuế, có con dấu pháp nhân và lưu trữ sổ sách kế toán theo đúng quy định.
• Đăng ký tài khoản ngân hàng hoạt động chính thức dưới mã số thuế của doanh nghiệp.
• Có Chữ ký số (USB Token hoặc Chữ ký số từ xa) đang còn hiệu lực để thực hiện giao dịch thuế điện tử.

Theo Điều 46 Thông tư 89/2026/TT-BTC, thành phần hồ sơ hoàn thuế GTGT đã được rà soát và đơn giản hóa:

Hiện nay, doanh nghiệp có thể thực hiện thủ tục qua hai cổng thông tin:

• Truy cập địa chỉ chính thức: https://thuedientu.gdt.gov.vn
• Chọn mục ‘Doanh nghiệp’ ➜ Bấm ‘Đăng nhập’ bằng tài khoản định danh/mã số thuế.
• Lưu ý đối với doanh nghiệp nộp lần đầu: Vào menu ‘Tài khoản’ ➜ ‘Đăng ký dịch vụ’➜ Tích chọn mục ‘Hoàn thuế điện tử’ để hệ thống kích hoạt chức năng.

• Vào menu ‘Hoàn thuế’ ➜ Chọn ‘Kê khai trực tuyến’.
• Khai báo số tiền đề nghị hoàn tại chỉ tiêu tương ứng trên Tờ khai thuế GTGT (Mẫu 01/GTGT cho hoạt động sản xuất kinh doanh/xuất khẩu hoặc Mẫu 02/GTGT cho Dự án đầu tư).
• Lập Phụ lục đề nghị hoàn thuế GTGT Mẫu 01-8/GTGT theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.
• Bấm ‘Lưu bản nháp’ hoặc ‘Hoàn thành kê khai’.

• Tải tệp dữ liệu Bảng kê hóa đơn, chứng từ mua vào và Tờ khai hải quan đã thông quan.
• Đính kèm các file tài liệu dạng bản sao điện tử (PDF/Excel) dung lượng dưới 5MB và tên file không dấu.

• Kiểm tra toàn bộ dữ liệu, cắm USB Token hoặc xác thực mã OTP qua ứng dụng chữ ký số từ xa.
• Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động phản hồi Thông báo tiếp nhận Mẫu 01/TB-TĐT cho người nộp thuế trong vòng 03 ngày làm việc (thay thế quy trình 2 bước trước đây).

• Tra cứu trạng thái hồ sơ tại mục “Hoàn thuế” -> “Tra cứu hồ sơ hoàn thuế”.
• Nhận Thông báo chấp nhận, yêu cầu giải trình hoặc Quyết định hoàn thuế điện tử do cơ quan thuế ban hành.

Theo Luật Quản lý thuế, thời gian giải quyết được chia làm 02 trường hợp:

1. Đối với hồ sơ ‘Hoàn thuế trước, kiểm tra sau’: Cơ quan thuế phải ban hành Quyết định hoàn thuế trong vòng 06 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ. Nếu hồ sơ không đủ điều kiện, cơ quan thuế ra thông báo từ chối hoặc yêu cầu bổ sung trong vòng 03 ngày làm việc.
2. Đối với hồ sơ ‘Kiểm tra trước, hoàn thuế sau’: Thời hạn giải quyết tối đa là 40 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ và tiến hành kiểm tra thực tế tại trụ sở doanh nghiệp.

• Hệ thống quản lý thuế áp dụng công nghệ AI & Big Data đánh giá tiêu chí tuân thủ theo Thông tư 94/2026/TT-BTC.
• Các hồ sơ rủi ro cao sẽ tự động chuyển sang kiểm tra trước hoàn thuế sau. Trường hợp phát sinh thông báo giải trình, doanh nghiệp có thời hạn 10 ngày làm việc để cung cấp bổ sung chứng từ giao dịch thực tế.

Từ tháng 10/2026, ngành Thuế chính thức đưa Hệ thống hoàn thuế GTGT tự động vào vận hành trên toàn quốc. Đây được coi là bước chuyển mình lịch sử mang lại nhiều lợi ích thiết thực cho cộng đồng doanh nghiệp:

• Tự động đối chiếu dữ liệu đa chiều: Hệ thống máy tính ngành Thuế tự động kết nối, truy xuất và đối chiếu dữ liệu giữa Hóa đơn điện tử, Tờ khai Hải quan thông quan, Chứng từ thanh toán qua ngân hàng và Tờ khai thuế GTGT của doanh nghiệp.
• Phân loại rủi ro tự động: Ứng dụng trí tuệ nhân tạo (AI) và các bộ tiêu chí quản lý rủi ro theo Thông tư 89/2026/TT-BTC để tự động chấm điểm tuân thủ của doanh nghiệp mà không có sự can thiệp chủ quan của con người.

• Rút ngắn tối đa thời gian nhận tiền hoàn thuế: Các doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ thuế tốt thuộc diện “Hoàn thuế trước, kiểm tra sau” sẽ được hệ thống duyệt và phát hành Quyết định hoàn thuế tự động, tiền chuyển thẳng vào tài khoản chỉ trong 1 – 3 ngày làm việc.
• Minh bạch hóa và tách bạch rủi ro: Hệ thống tự động phát hiện và khoanh vùng chính xác hóa đơn/giao dịch nghi vấn. Doanh nghiệp sẽ nhận được cảnh báo sớm để tự rà soát, điều chỉnh hồ sơ trước khi gửi chính thức.